凈化無塵車間不僅能對產品的精度、質量、穩定性及成功率等都有顯著的作用，同時還能在一定情況下保證工作人員的工作安全。但是無塵車間建成以后還要做好管理才可以，無車車間的管理主要在以下三個方面。
一、環境監控的管理
無塵車間凈化工程的無菌環境主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內維持“正壓”狀態來維持的。具體到監測的數據標準，主要從以下方面：
1.控制潔凈室空氣的溫濕度，室內溫度控制在22℃～25℃，濕度控制在百分之50～百分之60較為合適，不僅滿足人體舒服度且又不利于室內微生物的生存。
2.定期進行微生物檢測，每周一次，針對檢測結果確定維護程序。
二、運行管理
1.正確使用潔凈室
潔凈實驗室工程間物品擺放合理，利于操作，并盡可能減少物品材料，控制物品出入次數。
2.設置嚴格的工作流程
設置嚴格工作流程，明確區分潔污區域，制定出嚴格的工作流程。
3.控制清潔質量
潔凈層流空調系統初次使用須連續運行24h，空氣細菌培養兩次合格方可使用。 每次進入前30min打開層流空調通風工程系統，使通風空調工程系統連續運行，盡量排盡污染的塵粒，保證空氣質量。定期專人檢測空調系統運行情況，做好維護保養工作。
每日操作前后用1∶100的84消毒液去除門、窗、地面等灰塵。每周應掃除1次，包括天花板、墻壁和地板，尤其是抽風，回風口很易藏塵、藏菌要拆洗清潔定期檢查更換，以防其本身受到污染。初效、中效過濾器每6個月更換1次，過濾器1～2年更換1次?；仫L口如同中央空調工程中的回風口一樣，每周需清潔1次，以確保塵埃過濾效果。
三、人員管理
1.嚴格控制人員進出，盡可能減少人員進出次數。
2.嚴格著裝管理要求，進入凈化間更換無菌服，佩戴鞋帽，嚴格洗手消毒。
3.加強人員培訓，積極進行理論學習，明確層流百級潔凈室工作原理和環境要求，熟悉基本知識和操作要求的培訓，嚴格規范人員行為和各項操作規章制度。
